Assim como aconteceu com Milho Verde e toda a região do Serro, São Gonçalo do Rio das Pedras também teve a sua origem ligada à exploração do ouro, ainda no início do século XVIII. O povoado sofreu as mesmas restrições impostas pelo governador da província de Minas Gerais a todo o Distrito Diamantino, o que acabou por desestimular não só a permanência de moradores no local, como também a chegada de novos habitantes.

A exploração de ouro e diamantes era feita quase que exclusivamente por negros escravos. A produção tinha endereço certo: os cofres da Coroa portuguesa. Toda a riqueza das minas de São Gonçalo, que chegou a ter um intendente dos diamantes, não ajudou a melhorar a condição de vida de seus moradores. Mesmo assim, a mineração foi, por muito tempo, a única fonte de renda do lugarejo.

A situação só apresentou mudanças no início do século XX, quando o arraial se transformou num centro comercial de relativa importância para a região. São Gonçalo se beneficiou com o trânsito do grande número de tropas que transportavam alimentos vindos de Guanhães e do Serro com destino a cidade de Diamantina.

Hoje, a vila, que ainda mantém forte ligação comercial com Diamantina, vive basicamente da agricultura e do turismo. O antigo arraial minerador está localizado numa bela região, no Vale do Jequitinhonha e é rodeado por cachoeiras e montanhas. Suas casas e monumentos são simples e permanecem bem consevadas.

São Gonçalo do Rio das Pedras foi transformado em distrito do município do Serro em 12 de outubro de 1871. (Fonte: cidadeshistoricas)